Roku 1992 byly zavedeny dva plavební okruhy. Dosavadní velký končí stále pod Veverskou Bítýškou, nový malý okruh vede pouze do zastávky Rokle a zpět. Některé spoje jezdí pouze po malém okruhu, zejména mimo sezónu. V roce 1992 se stala i jiná významná událost – při vytahování na břeh došlo k poškození trupu lodě Mír. Neschopna další plavby, čekala tato loď mnoho let na opravu. V roce 2005 ji Státní plavební správa prohlásila za neopravitelnou. Následně byla částečně rozebrána a poté sešrotována.
Rok 1997 zaznamenal nejnižší počet přepravených cestujících – 147 000, což bylo historické minimum. V dalších letech pak přepravní křivka znovu vzrůstala. V roce 2003 byla v prostoru mezi Kozí horkou a Roklí postavena nová lodní zastávka U Kotvy, o rok později došlo ke zrušení zastávek Zouvalka a Obora. Téměř naproti bývalé zastávky Obora později vznikla nová zastávka Cyklistická.
V roce 2005 dopravní podnik zahájil rekonstrukci nevyužívané salónní lodě Brno. Loď byla znovu přestavěna pro běžnou přepravu cestujících a v květnu 2006 spuštěna na vodní hladinu.

Koncem roku 2008 tedy měl DPMB k dispozici celkem 6 lodí, z toho dvě jednopalubové (Brno a Pionýr) a čtyři dvoupalubové (Praha, Bratislava, Dallas, Veveří).

V roce 2009 z důvodu značného odpouštění Brněnské přehrady nebyla lodní doprava provozována.
Plavební sezóna v roce 2010 začala 8. května. Na vodu byla spuštěna nová loď Lipsko, která nahradila vyřazeného Pionýra (odvezen do Brna-Komárova, kde se stal součástí sportovního areálu). Prohlédněte si vzpomínkovou listinu na tuto loď.
V únoru 2011 byly z Bystrckého přístaviště odvezeny lodě Praha (v provozu na Brněnské přehradě od roku 1953) a Bratislava (1956). První z nich našla nové působiště v kempu Bítov u Vranovské přehrady, druhou je možné nově spatřit v areálu U Hrocha na ulici Veslařské v Brně-Jundrově.
V roce 2011 vypluly na hladinu Brněnské přehrady dvě nové lodě, konstrukčně i vzhledově naprosto stejné, jako je loď Lipsko. Jmenují se Vídeň a Utrecht.
Na jaře v roce 2012 byl zahájen provoz posledních dvou nových lodí, které opět dostaly jména po partnerských městech města Brna. První se jmenuje Stuttgart, druhá Dallas. Obě jsou stejné konstrukce jako lodě předchozí. Jejich zprovozněním byla obnova lodní flotily na Brněnské přehradě dokončena.

Technické údaje nových plavidel:
délka trupu: 25 metrů, šířka trupu: 6,22 metru, max. ponor: 1,15 metru, hmotnost prázdné lodi: 58 tun, výtlak: 90 tun, max. rychlost: 15 km/h, obsaditelnost: 200 osob. Lodě mají dvě paluby, akumulátorový pohon a jsou bezbariérové, včetně WC.

Z provozu byla naopak trvale vyřazena starší loď Veveří (1961) a také starý Dallas (1955). Z původního lodního parku tak zůstala v brněnské loděnici pouze historická jednopalubová loď Brno (v provozu již od roku 1949), nově zrekonstruovaná v roce 2005.